卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
难经正义
陈序童序自序增补本草备要自序本草备要凡例药性总义内容草部黄甘草人参沙参丹参元参白术苍术葳蕤黄精狗脊石斛远志石菖蒲牛膝甘菊花五味子天门冬麦门冬款冬花紫菀旋复花百部桔梗荠马兜铃白前白芨半夏天南星贝母栝楼仁
神农尝百草论亢则害承乃制论四气所伤论张仲景伤寒立法考伤寒温病热病说伤寒三阴病或寒或热辨阳虚阴盛阳盛阴虚论伤寒三百九十七法辨伤寒四逆厥辨呕吐干呕哕咳逆辨中风辨中暑中热辨积热沉寒论泻南方补北方论五郁论二阳
弁言杨序总评卷上卷下书《人身图说》后书《医林改错》后书《医林改错》后读《全体新论》
藩署萧四爷治验丸方卫道观前头鸣右盛德清某嘉兴吴安徽程杭州汪嘉兴张薛家湾郭昆山陶绍兴邵西汇胡松江朱甘露华朱家角邵未录住址姓氏芦墟东茜墩陈又未录住址姓氏唯亭陆平望陆昆山陈梨里王常熟俞杭州钟徐若泉令亲姚名琨
原序苏沈内翰良方序一苏沈内翰良方序卷第一脉说苍耳说记菊记海漆记益智花记食芋记王屋山异草记元修菜记苍术记流水止水论脏腑论君臣论汤散丸论采药论橘柚论鹿茸麋茸论鸡舌香论金罂子论地骨皮论淡竹论细辛论甘草论胡麻
十二经补泻温凉引经药歌
序叙自叙御定医宗金鉴麻疹卷一疹原轻重麻疹主治大法麻疹未出证治麻疹见形证治麻疹收没证治卷二身热不退烦渴谵妄喘急咳嗽喉痛失音牙疳呕吐泻泄痢疾腹痛衄血瘙疹盖痘疹瘾疹卷三 （附采诸家麻后证治）麻后龟胸麻后肺痿