前言卷第一摄生之一（佚）卷第二摄生之二（卷末缺）顺养六气九气调食寿限卷第三阴阳阴阳大论调阴阳阴阳杂说卷第四（佚）卷第五（卷首缺）人合阴阳合四海合十二水卷第六（卷首缺）脏腑之一五脏命分脏腑应候脏腑气液卷
劝读十则
风劳臌膈四大证治
提要看症口诀四季口诀大寒小寒七香跌打丸跌打总方回生丹跌打吊瘀煎水洗方
序录上序录下解毒服药忌食药不宜入汤酒者上石类上草木类上虫兽类玉石上品玉石中品玉石下品草木上品草木中品草木下品虫兽上品虫兽中品虫兽下品玉石三品玉石上品玉屑玉泉丹砂水银空青曾青白青扁青石胆云母朴硝硝石矾石
序卷上脾胃虚实传变论脏气法时升降浮沉补泻图说脾胃胜衰论补脾胃泻阴火升阳汤肺之脾胃虚论升阳益胃汤君臣佐使法分经随病制方通气防风汤羌活胜湿汤用药宜禁论《内经》、仲景所说脾胃卷中气运衰旺图说饮食劳倦所伤始为
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
序一序二序三卷之一初诞第一问护养法第二问噤风撮口脐风第三问脉法第四问（无方）变蒸第五问五脏所主第六问（无方）五脏病证第七问（无方）肝脏第八问心脏第九问脾脏第十问卷之二肺脏第十一问肾脏第十二问面上证气色
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
序卷一总赋寒性热性温性平性用药发明标本论用药法药性升降浮沉补泻法五脏所欲五脏所苦五气凑五脏例五行五色五味走五脏主禁例手足三阳表里引经主治例诸药泻诸经之火邪诸药相反例十八反歌十九畏歌六陈歌五脏补泻主治例