素问上古天真论篇第一四气调神大论篇第二生气通天论篇第三金匮真言论篇第四阴阳应象大论篇第五阴阳离合论篇第六阴阳别论篇第七灵兰秘典论篇第八六节藏象论篇第九五藏生成篇第十五藏别论篇第十一异法方宜论篇第十二移
序辨初生脉证并治第一辨寒热脉证并治第二辨发惊脉证并治第三辨疮疹脉症并治第四辨疳病脉证并治第五辨上焦病脉证并治第六辨中焦病脉证并治第七辨下焦病脉证并治第八附录护养
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
本草纲目别名录
序卷一月经门经论女子月事属太冲脉盛经论女子血海属于少阴一经经论女子经水温寒与天地相应女子月事本血室以时而下论女子月经本任冲二脉血海有余论女子月事本任督二脉血海之满论妇人月水本于四经论女子天癸之至名月信
祝由十三科
幼科发微赋卷之一十三科预养以培其元一胎养以保其真二蓐养以防其变三回气捷法拭口时法浴儿法断脐法嗜儿法刮泡法通便法贴囟法牛黄法鞠养以防其疾四辨小儿寿夭辨小儿形色辨小儿脉息辨小儿脉证治五脏证治总论肝脏证治心
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
简介序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七
医学举要